Chez moi l'encodage passe très bien. J'ai juste été obligé de créer un fichier bidon pour le test, et un dossier Logs dans le répertoire du script.
Tu as moyen d'envoyer en pièce jointe un fichier exemple de ton c:\inetpub\wwwroot\tpo\web.config et ton c:\inetpub\wwwroot\pvo\web.config ? Parce que si ça se trouve la modif n'est pas effectuée (ajoute peut etre un #RequireAdmin au début du script, ça ne règle pas toujours tout, mais bon, pour les tests...).
PS: Tu indentes bizarrement ton code, pas très lisible par ailleurs, surtout pour relire et t'aider ^^ Si je fais des modifs, tu m'autorises à fusionner les bouts de codes semblables?
PS2: J'oublie aussi le fichier "Func_Renomme_srv.au3", je l'enlève pour le moment, je commente les deux fonctions AutoLog_MagC() et Add_GrpAdm().
PS3: J'aime bien, mais je préfère la Xbox360

PS4: Je te joins une version remaniée de ton code, les codes fusionnés pour le débug (traces dans ton fichier "Renom_20042011.log" et l'avancement de la ProgressBar sont dans une même fonction, d'où un gain en lisibilité plus que certain ^^), la mise en commentaire des fonctions "chiantes" pour les tests (redémarrage machine, modification du nom de l'ordi, etc...) et l'indentation du code : Bref, aucune modif fondamentale, mais avec des fichiers d'exemple je pense pouvoir t'aider.